È una delle più importanti acquisizioni della storia recente della città di Salerno, poiché una vasta campagna di scavi ha restituito vari strati del complesso.

La Cappella Palatina di San Pietro a Corte venne edificata per volontà del principe Arechi II, tra il 758 e il 787, all’interno di un preciso programma politico, secondo il quale il principe riteneva necessario fornirsi di una seconda città ben fortificata oltre a Benevento, capitale del Ducato. La costruzione del palatium e della chiesa coinvolse un edificio termale romano, attivo tra il I e il III secolo. La cappella, collegata al palazzo da un loggiato, fu sovrapposta all’aula di un grande frigidarium, in parte già riutilizzato in età paleocristiana come luogo di culto e sepolcreto.  

Il campanile, che sorge sul lato settentrionale della cappella, è un’aggiunta del XVI secolo, insieme con la scalinata, che oggi consente l’accesso alla chiesa dall’esterno, restaurata nel XVIII secolo. L'interno è a navata unica con abside. Sulla parete nord si osservano, ai lati del campanile, due bifore con colonna centrale, mentre, in direzione dell'abside, la parete termina con due monofore. Le finestre e il loggiato costituivano le uniche prese di luce per l’interno della cappella.

Nel XIII secolo la chiesa venne utilizzata per pubbliche cerimonie, tra cui il conferimento delle lauree della Scuola Medica Salernitana.

Dal Cinquecento all’Ottocento la chiesa, con alterne vicende, venne contesa tra gli abati di San Pietro a Corte e gli arcivescovi salernitani. Con la legislazione del 1867, la badia venne soppressa. Nel 1881 i principi Pignatelli vendettero l'immobile alla confraternita dell'Immacolata Concezione, estintasi la quale, la chiesa passò nel 1938 alla confraternita di Santo Stefano, da cui prese anche il nome.

L'ambiente inferiore, o ipogeo, è diviso in due scomparti posti su livelli diversi: un livello è interessato dal sepolcreto, l’altro si conclude ad est con un'abside rettangolare, con presbiterio delimitato da muretti e fornito di un piccolo altare. Le pareti di quest’ultimo ambiente risultano, inoltre, affrescate con pitture iconiche, databili al tardo XII secolo, di forte influenza bizantina.

Addossato al complesso medievale di San Pietro a Corte si trova, infine, una piccola cappella detta di Sant’Anna, la cui volta è dipinta con scene mariane, opera del pittore Filippo Pennino del secondo decennio del XVIII secolo, mentre sulla parete meridionale è collocato un secondo dipinto raffigurante Sant’Anna con la Vergine bambina e due santi, la cui cronologia non supera la metà del XVI secolo.